ちょっと気になったのですが、
MainMenu のホームページを見ると、
OS 10.6 以降対応の物が最新版のようです。
細かなバージョン情報は確認していませんが、
OS 10.5 から引き継いでお使いの場合は
OS への対応状況を確認されてみてはどうでしょうか?
私もつい先日 OS 10.5 から OS 10.6 へのバージョンアップをしましたが、
ショートカットに関する問題は発生していません。
10.5 から引き継いだソフトが原因になる場合もあるので、
MainMenu 以外にもユーティリティ関連のソフトを追加している場合は、
それらの OS 対応状況を確認されてみると良いかも知れません。
>> The Traveller さん
> Mac OS X拡張(ジャーナリング:大文字と小文字を区別)
は、それがどういうメリット、デメリットがあるかを知っていることを含め、意図してその必要がない限り使わない方が良いフォーマットですよ。
「大文字と小文字を区別」されると誤動作するアプリケーションが少なくないからです。「大文字と小文字を区別しない方」のMac OS X拡張(ジャーナリング)を使った方が良いです。
これが原因ということも考えられますよ。