HFSでないと困るのは、
・Mac OS 8.0以下のMacと外付けハードディスクを接続する場合
・HFSでないとファイルを保存できないアプリを使う時(ほとんどめったにない)
のみです。
Mac OS Xはファイル数が10万を超えていてHFSにインストールできないため、HFS Plusであることを要求します。
よって、動作対象がMac OS 8.1未満の古いアプリケーションを使っていない限り、HFS Plusで問題ないでしょう。
なお、Norton Utilitiesなどのディスク管理ツールはHFS Plus対応のものが必要です。
動作環境やシステム条件にMac OS 9.1が含まれていないディスク管理ツールを使うと、データを失うことがあるため注意してください。