Macを教える・教わるコミュの【アプリ】HandBrake：チャプタありで変換した時、時々チャプタ位置がずれていることがある。

「HandBrake」では、
『Chapters』タブにて、
チャプタごとにタイトルを設定(入力)でき、『Create chapter markers』のチェックを入れれば変換したファイルにチャプタマークを適用できますが、

変換したファイルを鑑賞していると、チャプタをジャンプした時、
「あれっ…元のソースのチャプタとちょっとだけズレてる…」と思うことがあります。

ズレは、元のソースのチャプタ位置よりも、若干"早い"位置にズレている感じです。

これは、解決されていない不具合などなのでしょうか。
または、解決方法があれば、教えていただけると嬉しいです。

★HandBrakeコミュで訊こうかとも思いましたが、こちらの方がコミュメンバ数が圧倒的に多いので、回答していただける可能性が高いこちらで質問させていただきました。

[使用環境]
　Mac OSX 10.5.8 (Intel Mac)

[使用バージョン]
　Version 0.9.3 (2008112300)
　※アップデートの確認をすると、最新だと言われます。

　　　[使用プリセット]
　　　　iPhone/iPod touch

[鑑賞環境]
　iPod touch (第一世代)