制作がSMEであるということから、主題歌はソニー・ミュージックエンタテインメント(番組スポンサーでもあった)のアーティストが起用され、OP、EDともに主題歌のプロモーションフィルム的な色合いが濃かった。結果、主題歌は必ずと言っていいほどのヒットを飛ばし、SIAM SHADE、T.M.Revolutionなど、ブレイクしたアーティストは数多い(SIAM SHADEは『1/3の純情な感情』がヒットしなければその時点で解散するはずだったという逸話もある)が、曲の内容とアニメ本編の内容には、ずれが大きいものが多かった。事実、初代オープニングを担当したJUDY AND MARYは本作の主題歌を依頼されたとき「最近のアニメはわからない」ということでなんと『キャンディ・キャンディ』のイメージで曲を作ってしまったと言う逸話がある。ただし、全てがずれが大きかったというわけではなく、曲の内容と本編が一致していた曲も存在する。
そばかす(1話〜38話) 歌:JUDY AND MARY 作詞:YUKI 作曲:恩田快人 編曲:JUDY AND MARY 1/2(39話〜82話) 歌:川本真琴 作詞・作曲:川本真琴 編曲:石川鉄男 この歌が放映されていた途中の67話から、アニメ制作がスタジオディーンに変わったが、アニメーションは一部スタジオぎゃろっぷの制作したものが使用された(しかしあくまで制作はSPEである)。 君に触れるだけで(83話〜95話) 歌:CURIO 作詞:NOB 作曲:AJA 編曲:CURIO・佐久間正英