Web サーバーとメールサーバーが同一ドメインということは、双方ともにネットワーク的に近い場所にあるという認識でいいでしょうか
そうであるならメールサーバーのユーザーを MySQL などの DB に保存して、それを参照するようにすれば簡単になります
Web サーバーからは、ユーザーを DB に追加する
メールサーバーは同じ DB を参照してユーザーを確認する
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今更、ユーザーを DB に保存するように変更できないというのであれば、案1 でも簡単につくれそうです
ユーザー登録用の専用ユーザーを用意しておき、cron 等で定期的にそのユーザーのメールボックスを直接読みに行けばいいのですから
メール本文は Web サーバーのプログラムで作られるので、定型文であることが保障できます
定型文中からユーザー名を抽出するのは簡単なので、それを元にユーザーを新規登録すればいいだけです