パソコンで分からない事がある人コミュのiTunesの音飛び、フリーズの多発

先日、「強制シャットダウンの多発、BIOS設定後モニタが映らない等」というトピックで質問をさせて頂きました。
http://mixi.jp/view_bbs.pl?id=69604195&comm_id=592180

SkypeやMinecraft等の使用時の、PCの熱暴走からの強制シャットダウンが続き、
OSの再インストールと、電源のW数の大きいものへの交換、排熱ファンの取り付けで、前回質問した主な点は改善しました。
前回のトピックで最後の方に質問させていただいた、YouTubeなどの不具合も、今は問題なく作動しています。

ですが、やはりPCが背負ったダメージは非常に大きかったようで・・・。

OSの再インストール後、iTunesで音飛びが多発します。
再生を開始してから約３～５分おきに、大きく音の途切れがあります。

音飛びのパターンは、
１秒再生→３秒停止→１秒再生→３秒停止→１秒再生→３秒停止→通常通りに再生
と言った感じです。

その間、iTunesやブラウザなどはフリーズした状態になります。

iTunesとQuciktimeを３回ほどインストールし直しましたが、改善されませんでした。

メモリに不具合があるのかな？と思い、現在手持ちのメモリの組み合せで色々試してみましたが、
特に変わらないみたいなので、4Gを１枚だけ挿して動かしています。

いわゆるDドライブに音楽データを保存していますが、HDDの不具合も考えています。
もしくは前回のトピックに返信していただいたとおり、マザーボードかなと…。

うまく説明できていないかもしれませんが、御指南お願いいたします。

パソコンのスペックは以下のとおりです。

1006LM-i720S（マウスコンピューター）

マザーボード：H55M-P33
CPU：Intel Core i5 750 2.67GHz
メモリ：DDR3 PC3-10600 4GB
内蔵HDD：Hitachi HDS721010CLA332
Hitachi HDS5C3020ALA632
グラフィックボード：NVIDIA GeForce GT220
オーディオボード：ONKYO WAVIO SE-90PCI
ドライブ：22倍速スーパーマルチ(±DL)/SATA/ブラック GH24NS50 BL3
電源：玄人志向 PC用ATX電源 600W KRPW-L3-600W