Mac OS X版のGIMPは"X Windows System"(UNIX系で主に使われるウィンドウシステム。以下X11)で動作しています。X11とMac OS Xのフォント管理は独立しており、Mac OS X側で登録してもX11側には自動的に反映されません。
X11でのフォント周りの話は次の記事をご覧ください。
http://nibushibu.com/genki/2009/06/30/add-fonts-to-x11/
http://sites.google.com/site/sbhuth/x11環境での日本語フォント
なお、Mac OS X向けGIMPの最新版は2.6.11です(http://gimp.lisanet.de/Website/News/News.html)。また、GIMPを元にMac OS Xネイティブにした"SeaShore"もあります(http://ascii.jp/elem/000/000/567/567023/)。