私はSRC System PROもiPhoneも使ったことがないので一般的なアドバイスとしてお聞き下さい。
ナビとペアリングできたということは、SRC System PROをペアリングモードにすること(Channel-Aなら+ボタン5秒長押し、Channel-Bなら-ボタン5秒長押し)、ナビなり携帯が周辺デバイスを検出できるようにして"SRCS PRO"と名乗るSRC Systemを選択、必要に応じて"0000"のPINを入力してペアリング完了、という基礎はお解りなのですね?
マニュアルを見ますとGPS(ナビ)をペアリングするにはペアリングモード(赤青交互点滅)になったら「+」ボタン押せとありますが、そのようにされてますか? またペアリング後に実際に接続するときには"Music and Mobile"ボタン(△と受話器アイコン)を押す必要がある、とも記述がありますのでご参考まで。