言わんとする本質はキッドさんと一緒ですが、HDDを初期化(OSインストール・ディスクから起動してディスクユーティリティを起動してFirst Aidで「消去」を実行)してMac OS X 10.6 をインストールし直して、タイムマシーンからバックアップを戻さない状態でのコンピュータの動作確認を先ずして下さい。 これで動作に問題ない場合はハードの故障ではなく、タイムマシーンから戻したバックアップの内のどれかに「Mac OS X 10.6 に対応していないファイル」が含まれていて、これが不良動作を招いているということになります。
バックアップを戻していない初期状態でも動作以上が認められた場合はハードウエアの問題を猜疑るべきです。