Apple storeに問い合わせた所、修理には10万ほどかかるといわれ、とにかくバックアップをしておくことが先決ですと言われました。聞くところによると外付けのHDDにバックアップしたらいいとの事でした。バックアップに関する費用はすべて自己負担になるのでなにかオススメなバックアップ方法などありましたらどなたかご教授ください。
フォーマットがFAT32であってもMac OS Xなら認識するはずなので、おかしいと思いましたが、このHDDにはCDドライブモードなるものがあって、初期値ではONになっているようです。この機能はMacに対応していないので、それで認識しないのではないでしょうか。USBポートの横にスイッチがあるので、OFFの位置に変更してから繋いでみて下さい。
店員がブートできるといったのは、WindowsでこのCDドライブモードの状態でHDD内にOSのディスクイメージを作成していれば、という条件でのことかもしれません。詳しくはメーカーサポートに問合せしたほうがいいと思います。