「アクセス権の修復」は、システム、アプリケーション関連のファイル・フォルダーのアクセス権を /ライブラリ/Receipts 以下にある情報にしたがって修復するだけです。ただ、ディスクユーティリティの修復結果表示がUNIX的なので理解しづらいのかと思います。
Mac OS Xにおけるアクセス権については、次のURLをご覧下さい。
http://docs.info.apple.com/jarticle.html?artnum=106712
「何でアクセス権などというのが存在するのか?」は、Mac OS Xが「マルチユーザーシステム」(複数のユーザー情報を区別して扱えるシステム)だからです。
http://docs.info.apple.com/jarticle.html?artnum=106165