Where do you think she has gone? What do you think he is? Who/Whom do you think this letter is for? Which do you think is taller, Jane or Mary?
なお、”Who do you think you are?” は、「どこの何様のつもりか」という日本語の捨てせりふと見合いです。
また、”know”はこのように、疑問詞を前に出すことをしません。”Where do you know she has gone?” とは通常言いません。 ”Do you know where she has gone?”です。この質問には、イエスかノーだけで答えてもよいということになりますかね。