時代によって逆になった駅あり、他社線との通し番号あり。

駅の○番線ってどうやって決めているの？
https://news.mixi.jp/view_news.pl?media_id=32&from=diary&id=6002816
駅のホーム（乗り場）の何番線とか、路線や事業者によって千差万別で、JRのように駅長室のある側から1番線とするところ、下り線側から1番線とするところ、上り線側から1番線とするところ、様々ですが、関東地方で言えば、
駅長室のある側（または表口のある側）から…JR、東武（記事は「下り線側」としているが誤り）、西武
下り線側から…東急、小田急、京急、京王（例外あり）、相鉄、東京メトロ（下り線にあたる路線を「A線」）、都営地下鉄
上り線側から…京成
といったところで、JR東京駅の状況や東京メトロについては記事の言う通りで、東京メトロについてさらに言えば、原則、先に開業した区間から次に延びた区間に向かって「A線」（下り線に相当）、反対方向を「B線」（上り線に相当）と呼んでいるようで、銀座線は浅草から渋谷方面がA線、渋谷から浅草方面がB線で、以下、
丸ノ内線：池袋から荻窪・方南町方面がA線
日比谷線：北千住から中目黒方面がA線
東西線：中野から西船橋方面がA線
千代田線：北綾瀬・綾瀬から代々木上原方面がA線
有楽町線・副都心線：和光市から新木場・渋谷方面がA線（第一期開業は池袋−銀座一丁目、第二期開業は銀座一丁目―新富町）
半蔵門線：渋谷から押上方面がA線
となりますね。駅ナンバリングの付番順とは逆の路線もありますが、A線側から1番線と付番。
で、駅長室のある側からの付番では、東武鉄道の場合、浅草、春日部、池袋、川越などが上り線側から1番線と付番し、曳舟、北千住、西新井などが下り線から1番線と付番しています。また、西武鉄道では池袋、練馬、ひばりヶ丘、飯能などが下り線から1番線と付番する一方、西武新宿、清瀬、小手指などは上り線から1番線。
そして、事業者によっては他の事業者の路線のホームの追い番で付番している例もあり、現在も東急東横線の菊名や東急田園都市線の長津田、西武の国分寺、京王の高尾などで見られますね。かつては東急東横線の横浜、東武東上線の池袋などにも見られましたが、旧国鉄やJRがホームを増設したことを契機に1番線からの付番に変わりました。また、JRでは横浜、日暮里、小田原などが他社線の追い番で付番され、横浜を例にとれば京急が1番線（下り浦賀、三崎口方面）、2番線（品川、都営浅草線）でJRは3番線からですね。
また、時代によって付番が逆になった例もあり、例えば国分寺駅は、もとは北口側が1番線で西武国分寺線の乗り場が1番線を名乗っていましたが、JR中央線が2面4線となって南口側から1番線と付番するようになり、西武国分寺線は5番線となり、多摩湖線は7番線となりました。
ま、決まっているわけではない、と言うことで……。