第2使徒については正式のアナウンスがなく、ファンの間では、第18使徒リリンの母たるリリスをここに擬す解釈が多数派であった。その後バンダイから発売されたカードダスや、PS2のゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』で第2使徒がリリスと発表された。これに続き、ガイナックスから使徒を擬人化したキットシリーズ『使徒XX』において「A-02 LILITH≒XX」がリリースされ、さらにエヴァンゲリオン・クロニクルでもこの事実が明記された。そして『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』で、アニメで初めて設定が明言された。名前の由来は、アダムの最初の妻であるとされる「リリス」から。
エヴァンゲリオン世界の地球において、人類を含むその後の全ての地球上の生物の始祖である原始生命を生み出した、アダムとは別の「生命の起源」の1つ。特務機関NERV本部の地下深く、ターミナルドグマに磔にされている。エヴァンゲリオン初号機はEVAのうち唯一リリスから生み出されたものである。リリスの魂は、魂の宿ることがなかった綾波レイの肉体に移されている。
リリスの顔には7つの目の面がはりつけられているが、これは「ヨハネ黙示録」第5章6節の目が7つある羊を描いた、スペインのサン・クレメンテ聖堂(現在はバルセロナのカタルニア美術館所蔵)の12世紀のフレスコ画から借用したものと思われる。これは、ゼーレのマークにもなっている。
『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』で登場するリリス(?)は、序盤からシンジへ紹介される。7つの目の仮面に代わって、サキエルの顔と同じデザインの仮面を被せられている。外見上の違いは、胸に大きな傷があり(これはリリスのデザインを担当したOKAMAによると、人類が調査を行った跡)、ロンギヌスの槍がこの段階で刺されており、さらに小さな十字架状の杭が傷跡に沿って複数打ち込まれている。また、ネルフ職員に対しても存在そのものが秘匿されていたテレビ版と異なり、「リリスに使徒が接触するとサードインパクトが発生するため、これを防がなくてはならない」という特務機関ネルフの最大目的が職員一同に認識されている。
困ったときには