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シロイヌナズナコミュのアラビのデータベース活用

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アラビのデータベース活用

mixiユーザー 2008年01月29日 23:06

【質問です】

SIGnAL : Salk Institute Genomic Analysis Laboratory Home Pageで、
ある遺伝子のAGI geneコードを入力し、ORFの配列をコピーして自前のソフトで翻訳したんですが、途中にstopコドンが多数入ってました。

しかし、ゲノムネットでこの遺伝子のAGIコードを入力し、アミノ酸配列を調べたら、配列に差異があり、今度は途中で終止コドンはありませんでした。

このようなデータベースサイトって、鵜呑みにしすぎるのはよろしくないのでしょうか？

コメント(5)

[1] mixiユーザー 01月29日 23:26

ちなみに前者に載ってた配列のアデニンが一個抜けているようでした。

[3] mixiユーザー 02月02日 00:12

エリーゼさん

http://signal.salk.edu/
そうです、このページです。


いろんなサイトを参考にした方が良さそうですね。
最近はBlastするにもゲノムネットとCIB-DDBJ、NCBIなど試してみてます。


あと、根掘り葉掘り探せば結構便利そうなサイトもあるんですね。
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1533917
こんなサイト見つけました。マイクロアレイする余裕が無いラボには便利そうですね。

[5] mixiユーザー 03月02日 23:30

マイクロアレイでこっそりとこれおいておきますね
(;´Д`)つhttp://www.atted.bio.titech.ac.jp/

マイクロアレイなんて夢のまた夢なので重宝してます

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