またワーナーはJ・J・エイブラムスの“Superman:Flyby”をマックG監督下で進めていた。しかしマックGが『チャーリーズ・エンジェル フルスロットル』を優先させるために降板すると、ワーナーは“Superman:Flyby”の監督としてウォルフガング・ペーターゼンに接近した。さらに2001年8月、アンドリュー・ケヴィン・ウォーカーが“Batman vs. Superman”のアイデアを売り込んでくるとペーターゼンをその監督とした。“Superman:Flyby”は一時保留され、アキヴァ・ゴールズマンがウォーカーの“Batman vs. Superman”を書き直すために雇われた。2002年6月、ワーナーは“Batman:Year One”の企画を止め、“Batman vs. Superman”を進めることに決めた。
“Batman vs. Superman”の主要撮影は2003年初頭より約5か月から6カ月行われる予定で、公開は2004年中頃に計画されていた。だが、スーパーマン役の候補にはジョシュ・ハートネット、バットマン役には先の“Batman:Year One”でも候補だったクリスチャン・ベイルにオファーしたが、断られてしまった。ワーナーがゴーサインを出してから1か月もたたないうちに、ペーターゼンは『トロイ』を優先させるために“Batman vs. Superman”の企画を去り、ワーナーは“Superman:Flyby”と『バットマン』のリブートを進めることにした。