"where have you"をキーワードに検索してみてください。
そしてそれに続く動詞にどのようなものが見られるか。
Where have you...の出だし自体は約8,690,000件(アメリカ国内英語サイトのみ)ヒットしますが、それに続く動詞は
Where have you been?(どこに行ってたの?)
Where have you gone?(どこに行ってしまったの?)
Where have you been hiding?(今までどこに隠れてたの?)
など継続的行為を示すものか「have gone」のようなものだけです。
検索結果の例文を眺めているだけで Where have you bought it? がいかに不自然か理屈ぬきでもわかってくるはずです。
I’ve bought a new bicycle.
「新しい自転車を持ってるよ、何しろお金を払って買ったんだから」
→「新しい自転車買っちゃった」
ここではbuy a new bicycleのほうへ若干重点を置きながら、つまり「買った」ことを特に意識して話すような状況がうまれています。しかしHave you bought an apple? を「リンゴ買ってくれた?」の意味で取るのは難しいでしょう。「リンゴを今持っているかどうか」と考えると確かによさそうですが、ここにわざわざ「ちゃんと金を出して」という意味を付け加えることはこの場面で必要不可欠なことかな? と考えます。「リンゴ買ってくれた?」の場合は、これを強調する必要がないのでDid you buy an apple? となります。
Where have you got it? が「どこに持ってる?」と訳せる旨が書かれていました(しゅうさんの書き込み)が、これも「get itしたのだから、どこかに所有されているはずだ。それはどこだ?」ということになるでしょう。
そうすると、Where have you bought it? は何に重点を置いて質問しているのでしょうか。「場所」でしょうか、それとも「買って持っていること」でしょうか。質問の焦点がズレているような印象を受けます。
>Have you bought an apple? を「リンゴ買ってくれた?」の意味で取るのは難しいでしょう。「リンゴを今持っているかどうか」と考えると確かによさそうですが、ここにわざわざ「ちゃんと金を出して」という意味を付け加えることはこの場面で必要不可欠なことかな? と考えます。「リンゴ買ってくれた?」の場合は、これを強調する必要がないのでDid you buy an apple? となります