AMTRAKのサイトのトップページから経路と値段の検索ができます。
http://www.amtrak.com/home
例えばサンフランシスコからニューヨークまでは下記の駅を入れて検索すると幾つかのルートが表示されます。
From : San Francisco - Shopping Center, CA (SFS)
To : New York - Penn Station, NY (NYP)
ちなみに、サンフランシスコで検索すると「San Francisco - Fisherman's Wharf, CA (SFW)」「San Francisco - Shopping Center, CA (SFS)」など複数の結果が出てきますが、これは連絡バスが出発するバス停になります。
サンフランシスコからCalifornia Zephyrに乗る場合はEmeryville駅になるので、連絡バスでEmeryvilleへ行くか、自分で直接行くかになります。