TeX / LaTeXコミュのCarbon Emacs で文字化け

初めまして。トンボと申します。
Snow Leopard + Carbon Emacs + Skim でLaTeXを使っています。

普段は非常に快適なのですが、たまに、Skim が文字化けをします。日本語のwebサイトを、間違った文字コードで開いたときのように、意味不明の文字列になってしまいます。（Shift JIS を使っています）

コンパイルしたときのエラーメッセージの意味はわからないので、「第何行にエラーがある」ということだけ読み取って、その辺りを次々にコメントアウトして、ほぼプレーンテキストしか残ってないような状態になっても、文字化けが直りません。

しかたないので、新たにLaTeXファイルを作って、問題ない箇所を切り貼りしてコンパイルし直して対処しています。ですから、結局、何が悪かったのかはわかっていません。

このような文字化けには、どう対処するのが良いのでしょうか？

（LaTeXのシステムは、WindowsからMacに乗り換えたときに、見よう見まねでfinkやmacportなどで入れたので、どうなっているのか把握出来ていません。）