Make sure you have placed a deposit at your second-choice school, ーーーーーーーーーーーー to hold your seat in case something happens. 何かあったときに備えて、すべり止め(your second-choice)の学校に 入学手付け金を納めておきなさい。
なぜ、下線部が、have placed a deposit という風になっているのか?と いうお尋ねでしたが、
【「手付金を既に払っている状態、とっくに支払いをしている」状態で いなさいよ】という事ですね
Make sure you place a deposit at your second-choice school.としますと つまり、place a depositと現在形にすると
<必ず〜しなさいよ/手付金を普段から、第2志望校に納める様に>となります
手付金は、普段から、いつも納めませんね。
【何かあった時に備えて、収め終わっておきなさいよ】、という事で have placed a deposit としておりますね