その後、傷害については被害者の狂言と判明したことから不起訴処分に、恐喝についても起訴猶予処分となり、事態は法的な決着を見た。これを受けて、同年7月20日より放送は再開された。ただし、放送期間があらかじめ定められていたため、撮影自体は終了していた5回分(第50話・第52話・第54話・第56話・第58話)を間引いての放送であった。放送休止期間中には、アニメ映画『ウルトラマンM78劇場 Love & Peace』、オリジナルビデオ作品『ウルトラマンネオス』が放送された。
この作品のもう一つの特徴は、劇場版とTV版が連動した、メディアミックス作品であることである。テレビ放送の開始直後に、劇場版『ウルトラマンコスモス THE FIRST CONTACT』が夏休み映画として公開された。テレビ版はこの映画の8年後を舞台として描かれている。放送中と放送後にわたり計3作の映画が製作され、ウルトラマン史上初3年連続でスクリーンを独占した。
これらの要素によりこの作品は良い意味でも悪い意味でも注目を受けた作品となった。
キャラクターとしてのウルトラマンコスモス 宇宙からやって来た神秘の巨人。争いを好まず、相手を傷つけずに友好関係を築く事を望んでいるが、凶悪で卑劣な者に対しては果敢に立ち向う戦士である。『ウルトラマンコスモス THE FIRST CONTACT』でバルタン星人を追って地球に飛来し、ムサシと知り合った。事件解決後、宇宙に帰るが、カオスヘッダーが地球に出現した際に再び地球に現れ、ムサシと一体化した。いくつかのモードを使い分けるが、テレビ版では、ルナからコロナへの変化には邪悪な敵に対する正義の「怒り」(第2話)、エクリプスへの変化には、あきらめない「勇気」(第30話)がモード・チェンジの契機として描かれている。