アコギの特有の音質を求めるならマイクで拾うのが一番だと思いますよ。ただしちゃんと設定しないとハウったり、動いたりするとマイクの芯はずしたりしますね。
ライブなどで立ってしかも結構動いたりする人はピックアップの方が良いかもですね。マグネティックやアンダーサドルピエゾピックアップはどうしてもエレキっぽい音がするのであまり好きではありません。ボディーの音を比較的拾うコンタクトタイプがお勧めですね。
自分のギターに装着しているのは L.R.BAGGS / Ibeam Active System for Acoustic です。これは比較的自然な音に近いと思います。
でもやっぱり環境が許せばマイクで拾うのが一番音的には良いと思いますよ!