西暦2010年。1年前に起こった大災害・リーマンインパクトで総人口の半数近くを失った人類は、新たな脅威にさらされていた。
国連直属の非公開組織である特務機関NEET(ニート)は、汎用人型決戦兵器 人造人間ヤヴァイゲリオン (YVA) を極秘に開発し、予測されていた失業の襲来に備えていた。そのパイロットに選ばれたのは、わずか20代、30代の少年・少女たちであった。
主人公である「タケ・ジュン」は、他人との接触を好まない内向的な少年であるが、NEETの総司令であるたけしカレーによって、YVA初号機のパイロットに突如として選任される。こうしてジュン、マサ・ラングレーらYVAのパイロットたちは、世界の命運を託され、命をかけて戦う過酷な状況に追い込まれる。
リーマンインパクトの真相、襲来する無職、そして秘密裏に進められる「NEET補完計画」など数多くの謎と共に、主人公ジュンの成長と挫折を織り交ぜながら物語は進んでいく。