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搭乗者:碇シンジ、綾波レイ
搭乗者コード:サード・チルドレン、ファースト・チルドレン
機体色:バイオレット
眼:双眼
コア(魂):碇ユイ
初登場話数:第壱話
リリスより製作された、EVAシリーズの実験機。活動限界を迎え搭乗者の生命に危機が迫ると、突如コアが反応し再起動、搭乗者の意思に関係無く暴走する。第拾九話「男の戰い」では第14使徒 ゼルエルを捕食しS2機関を獲得。以後、活動限界は無くなる。
初起動は第3使徒サキエル戦で、初シンクロ時に41.3%と高シンクロ率をたたき出すも、シンジの戦闘経験の無さ、及び操作技術の拙さにより左手首を折られ、右眼を光の槍に貫かれて中破する。だが、その後機体は暴走し、左手首の再生、使徒のA.T.フィールドを侵蝕・中和等の圧倒的戦闘力を見せつけ、使徒を殲滅する。その後第4使徒 シャムシエル戦では初のEVA専用火器を使用するも効果はなく、活動限界時間一杯までの接近戦闘にて辛くも殲滅する。第5使徒 ラミエル戦は零号機と共に超長距離射撃を行い殲滅。第7使徒 イスラフェル戦は弐号機が作戦に加わり、両機体の動きを同調させるユニゾン特訓の末、使徒を殲滅する。第9使徒 マトリエル、第10使徒 サハクィエルは、戦列に復帰した零号機と3機で殲滅する。第12使徒 レリエル戦で、敵の本体である影に取り込まれディラックの海を彷徨い、シンジの生命維持に危険が迫ったとき2度目の暴走を起こし、上空に浮かぶレリエルの影を引き裂き帰還。第13使徒 バルディエル戦では、戦闘を拒んだシンジに業を煮やしたゲンドウがダミープラグを使用、使徒を無惨に解体する。その戦闘の後、シンジが搭乗を拒否した為、第14使徒 ゼルエル戦では代わりにレイが搭乗したが、以前はシンクロ可能であったレイや、ダミープラグをも受け付けなくなる。その戦闘で弐号機、零号機の無惨な結果を目撃し、加持に諭されたシンジは再び初号機に搭乗し、左腕を失いつつも敵を追い込んだが電源が切れ、敵に攻撃される。その後シンジの声に反応するかの様に再起動及び覚醒する。再起動した初号機はシンクロ率400%を超え、敵の腕を自らの左腕へ変換、敵A.T.フィールドを破壊、敵を捕食しS2機関を獲得する。ここで初号機は覚醒を果たし、他のEVAとは一線を画す存在へと変化した。第15使徒 アラエル戦では使用を凍結されたが、第16使徒 アルミサエル戦で凍結解除され戦闘復帰する。第17使徒 タブリス戦では、タブリス(渚カヲル)が操る弐号機と戦闘、撃退し、さらに渚カヲルを握りつぶして殲滅した。
劇場版25話「Air」では戦略自衛隊がシンジと初号機との接触を絶つためにケージに注入した硬化ベークライトに拘束され搭乗できなくなっていたが、弐号機が量産機に解体されているときに無人のまま起動、ベークライトを破壊しシンジを搭乗させるとジオフロント内に出現した。劇場版26話「まごころを、君に」では、弐号機の無残な姿を見たシンジに触発され暴走、背に四枚の十字翼型A.T.フィールドを背負い月軌道上にあったロンギヌスの槍を召喚する。その状態をゼーレに利用されサードインパクトを発現させてしまう。だが、シンジはその世界を望まず初号機は同化したリリスから分離、地球を包み込むほどの12枚の翼を展開し量産機のロンギヌスの槍をすべて破壊。シンジを地球に残し宇宙へと旅立った。
『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』では細部のデザイン、カラーが変更されている。新劇場版における各部の変更点についてはヱヴァンゲリヲン新劇場版:序を参照。
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