電脳によってインターネットに直接アクセスできる時代が到来した。
人間、電脳化した人間、サイボーグ、アンドロイド、バイオロイドが混在する社会の中で、テロや暗殺、汚職などの犯罪を事前に察知してその被害を最小限に防ぐ内務省直属の攻性の公安警察組織、公安9課、通称"攻殻機動隊"の活躍を描いた物語。
時代は21世紀、第三次核大戦と第四次非核大戦を経て、世界秩序は大きく変化し、科学技術は飛躍的に高度化した。その中でマイクロマシン(作中ではマイクロマシニングと表記されている)技術を使用して脳の神経ネットに素子(デバイス)を直接接続する電脳化技術や、義手・義足にロボット技術を付加した発展系であるサイボーグ(義体化)技術が発展、普及した。
第1話「公安9課 SECTION-9」
第2話「暴走の証明 TESTATION 」
第3話「ささやかな反乱 ANDROID AND I」
第4話「視覚素子は笑う INTERCEPTER」
第5話「マネキドリは謡う DECOY」
第6話「模倣者は踊る MEME」
第7話「偶像崇拝 IDOLATER」
第8話「恵まれし者たち MISSING HEARTS」
第9話「ネットの闇に棲む男 CHAT! CHAT! CHAT!」
第10話「密林航路にうってつけの日 JUNGLE CRUISE」
第11話「亜成虫の森で PORTRAITZ」
第12話「タチコマの家出 映画監督の夢 ESCAPE FROM」
第13話「≠テロリスト NOT EQUAL」
第14話「全自動資本主義 ¥ユーロ$」
第15話「機械たちの時間 MACHINES DESIRANTES」
第16話「心の隙間 Ag2O」
第17話「未完成ラブロマンスの真相 ANGELS' SHARE」
第18話「暗殺の二重奏 LOST HERITAGE」
第19話「偽装網に抱かれて CAPTIVATED」
第20話「消された薬 RE-VIEW」
第21話「置き去りの軌跡 ERASER」
第22話「疑獄 SCANDAL」
第23話「善悪の彼岸 EQUINOX」
第24話「孤城落日 ANNIHILATION」
第25話「硝煙弾雨 BARRAGE」
第26話(最終話)「公安9課、再び STAND ALONE COMPLEX」
草薙 素子 バトー タチコマ サイトー ボーマ パズ トグサ 石川 課長 プロト 並列化 電脳化 ぼくらはみんないきている 趣味の人
困ったときには