avoir を助動詞として複合形を作る動詞の場合、過去分詞はその動詞の直接目的語が過去分詞よりも前に位置している場合、その直接目的語と性数一致します。これが基本です。
vous ne les avez pas entendusの場合、直接目的語はlesで、過去分詞よりも前に位置しているので性数一致しています。主語の性数とは関係ありません。vous ne les avez pas entendues
といえば、lesが女性だとわかります。
動詞よりも前に位置している直接目的語はおもに人称代名詞、関係代名詞などです。
例 La robe que j'ai cousue est tres belle.