超初心者向けCGI講座コミュのpdfファイルをアップする。

Rocomotion(http://www.rocomotion.jp/)さんのROCO ALBUM を改造しようとしています。
このアルバムCGIに別途pdfファイルをアップできるようにしたいと思っています。
しかし、どうもうまく出来ません。

まずは、このCGIにはpdファイルをアップする機能がないので、同じサイトの他のプログラムにpdfファイルをアップできるものが無いかを探し、ROCO UP BOARD SEASON (http://www.rocomotion.jp/cgi/roco_up_board_season.php)でアップできることがわかったので、ここから移植しようと考えました。

しかし、移植すると、アップは出来るのですが、ファイルが壊れてしまいます。
アップしたファイルは元ファイルとファイルサイズが違っているし、Adobe Readerで開こうとすると、「ファイルが壊れています。」といったメッセージが出ます。
移植したサブルーチンは以下の通りです。
#--------------------#
# PDFアップロード #
#--------------------#
sub UpFilepdf {
# 画像処理
$macbin=0;
foreach (@in) {
if ($_ =~ /(.*)Content-type:(.*)/i) { $tail=$2; }
if ($_ =~ /(.*)filename=(.*)/i) { $fname=$2; }
if ($_ =~ /application\/x-macbinary/i) { $macbin=1; }
}
$tail =~ s/\r//g;
$tail =~ s/\n//g;
# $fname =~ s/\"//g;
$fname =~ tr/\"\x0D\x0A//d;

# ファイル形式を認識
$flag=0;
if ($tail =~ /image\/gif/i && $gif) { $tail=".gif"; $flag=1; }
if ($tail =~ /image\/jpeg/i && $jpeg) { $tail=".jpg"; $flag=1; }
if ($tail =~ /image\/x-png/i && $png) { $tail=".png"; $flag=1; }
if ($tail =~ /text\/plain/i && $text) { $tail=".txt"; $flag=1; }
if ($tail =~ /lha/i && $lha) { $tail=".lzh"; $flag=1; }
if ($tail =~ /zip/i && $zip) { $tail=".zip"; $flag=1; }
if ($tail =~ /pdf/i && $pdf) { $tail=".pdf"; $flag=1; }
if ($tail =~ /audio\/.*mid/i && $midi) { $tail=".mid"; $flag=1; }
if ($tail =~ /msword/i && $word) { $tail=".doc"; $flag=1; }
if ($tail =~ /ms-excel/i && $excel) { $tail=".xls"; $flag=1; }
if ($tail =~ /ms-powerpoint/i && $ppt) { $tail=".ppt"; $flag=1; }
if ($tail =~ /audio\/.*realaudio/i && $ram) { $tail=".ram"; $flag=1; }
if ($tail =~ /application\/.*realmedia/i && $rm) { $tail=".rm"; $flag=1; }
if ($tail =~ /video\/.*mpeg/i && $mpeg) { $tail=".mpg"; $flag=1; }
if ($tail =~ /audio\/.*mpeg/i && $mp3) { $tail=".mp3"; $flag=1; }

if (!$flag) {
if ($fname =~ /\.gif$/i && $gif) { $tail=".gif"; $flag=1; }
if (($fname =~ /\.jpe?g$/i && $jpeg)) { $tail=".jpg"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.png$/i && $png) { $tail=".png"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.lzh$/i && $lha) { $tail=".lzh"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.txt$/i && $text) { $tail=".txt"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.zip$/i && $zip) { $tail=".zip"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.pdf$/i && $pdf) { $tail=".pdf"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.mid$/i && $midi) { $tail=".mid"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.doc$/i && $word) { $tail=".doc"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.xls$/i && $excel) { $tail=".xls"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.ppt$/i && $ppt) { $tail=".ppt"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.ram$/i && $ram) { $tail=".ram"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.rm$/i && $rm) { $tail=".rm"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.mpe?g$/i && $mpeg) { $tail=".mpg"; $flag=1; }
if ($fname =~ /\.mp3$/i && $mp3) { $tail=".mp3"; $flag=1; }
}
# アップロード失敗処理
if (!$flag && !$clip_error) { return; }
elsif (!$flag && $clip_error) {
&error("アップロードできないファイル形式です","lock");
}

$upfile = $in{'upfilepdf'};

# マックバイナリ対策
if ($macbin) {
$length = substr($upfile,83,4);
$length = unpack("%N",$length);
$upfile = substr($upfile,128,$length);
}

# 添付データを書き込み
$ImgFile = "$ImgDir$no-pdf$tail";
open(OUT,"> $ImgFile") || &error("画像のアップロードに失敗しました","lock");
binmode(OUT);
binmode(STDOUT);
print OUT $upfile;
close(OUT);
chmod (0666,$ImgFile);

# 画像サイズ取得
if ($tail eq ".jpg") { ($W, $H) = &JpegSize($ImgFile); }
elsif ($tail eq ".gif") { ($W, $H) = &GifSize($ImgFile); }
elsif ($tail eq ".png") { ($W, $H) = &PngSize($ImgFile); }

# 画像表示縮小
if ($W > $MaxW || $H > $MaxH) {
$W2 = $MaxW / $W;
$H2 = $MaxH / $H;
if ($W2 < $H2) { $key = $W2; }
else { $key = $H2; }
$W = int ($W * $key) || 1;
$H = int ($H * $key) || 1;
}
$tailpdf = $tail;
}
#--------------------#
アップ出来ないとかだったら自分のミスとすぐわかるのですが、これではどこが悪いかが判りません。
どこをチェックしたらよいでしょうか?

お願いします。