カナダオオヤマネコは毛皮のための捕獲、各地での生息域減少が原因でその数を減らしつつあるが、IUCNリストではLeast Concern(軽度懸念)にリストアップされている。アメリカ合衆国の大陸中部の48州(contiguous United States)では、米国魚類野生生物局(U.S. Fish and Wildlife Service)によって絶滅危惧種に指定されており、コロラド州では1999年から本種の再導入が取り組まれていた。そして2003年には野生で生まれた最初の子供が確認され、再導入は成功を納めつつある。
カナダ北部におけるカナダオオヤマネコの生息数は、各年で毛皮のために捕獲されたカナダオオヤマネコの数から推測されていた。ハドソン湾会社(Hudson's Bay Company, HBC)とカナダ政府に、これについての1730年代からの記録が残っている。グラフには特徴的で顕著な増減が繰り返し記録されており、ピーク時の生息数と最低時では10倍ほどの差がある。ピークから底までは約5年かかり、その後すぐに生息数は増加し始める。