とりあえず、EmEditor Professional Version 7.00では、
『編集(E)』→『高度な操作(V)』→『半角/全角変換(H) Ctrl+T』
で、ダイアログが出ますので、
そちらで変えたいタイプの文字の部分にチェックを入れてOKを押せば、一括変換できます。
対して、EmEditor Free Version 6.00.4では、半角/全角変換機能が無いので、
手動で一個一個変換していくしかないようです。
#あと、Professional Version 6より前のヴァージョンは、こちらでは再現できませんので、
それ以前のものをお使いでしたら、ほかの方の回答をお待ちくださいませ。(^^j)