> If I had been you, I would not have done such a thing.
でよいのではないでしょうか。"If I were you"と言うとやはり『現在』の意味に聞こえるように思います。
"I had been you"の部分が妙な感じがするのならば、代わりに"I had been in your position"などと言い換えればよいと思います。でも"I were"にはしないと思います。
私は
>If I were you, I would not have done such a thing.
で充分正しいと思います。
しゅうさんが書かれた文も意味は同じだけれどかたい印象を受けます。
>If I had been in your position, I would not have done such a thing.
でも、
If I had been you, I would not have done such a thing.
は文法上言えそうでも、現実には言いませんが敢えて言うならば
If it had been me, I would not have done such a thing. になると思います。
(念のためにいずれも英語ネイティブに確認してみました。)
文法事項を挙げて説明できず申し訳ないです。
If I were in your positionやIf I were in your shoesならば、
仮定法過去完了になるのが当然だとしても、
If I were youはあくまでも「定型表現」なので、過去に言及するのも仮定法過去でいいのではないか、その方が流通しているのではないかと考えたのです。