早々のご返答ありがとうございます。
尺が一時間程あるからでしょうか、、AVIで圧縮なしで書き出しを試みましたが、データが大きくHD不足からかエラーがでてしまった次第です(外付けで200Gは空きがあったと思います)。Microsoft DV AVI で圧縮されたものはまだ試していませんので試してみようかと思います。一度試すのに2時間ほどかかるのが相当しんどいです。(短い書き出しではこの現象が起きないため)。
レスくださり感謝しています。現在も原因究明に試行錯誤しております。
解決しましたら板に書き込みさせていただきます。ありがとうございました。