これをふまえて、他の言い方で今頭に浮かんで来るのは、
I don't know what to do about it.
It's quite bothersome.
It's making my life/job a lot tougher.
It's such a pain.
It's a pain in the ass/butt. (俗)(目の上のたんこぶ)
trouble を使うのだったら、It is troublesome. とか it's giving me quite some trouble. とかにした方がいいような。同じような物で、他にもcumbersome, burdensome, onerousとかありますが、このシチュエーションではいずれも大げさ過ぎるし、少し堅い感じがします。