給与・税金・労務についての疑問コミュの義父の職場環境態勢と税金につて

こんにちは。
どうして良いかわからずこちらのトピを立てさせていただきました。
私は2年前に再婚し現在、旦那両親、旦那、私、子供3人の7人家族です。
旦那はもともと自営業で自分で確定申告などをしてきました。
義父は40年間、同じ板金会社に勤めています。世帯主は義父で世帯分離はしていません。敷地内別居の形で、家計はほぼ別です。
今までは義母が義両親家庭の金銭管理を行っていましたが、病に倒れてからは私に任されました。
今夏、義父が仕事量に対してボーナスが少ない（2万でしたが、毎年夏春と2万ずつくらいだったそうです）と腹を立て会社を辞めてきた、と言いました。義父もいい歳だし辞める事は反対ではないのですが、生活を考えるとそうもいかないと義父本人が会社に談判し、今後アルバイトとして再雇用される形になりました。
現在の我が家は持ち家で、建物の固定資産税は我が家で支払ってますが、土地が義父の会社（と言っても個人経営で社長とその息子と義父の3人で動いてます）社長名義の土地になります。
隣家は社長の弟が住んでるので、土地代は毎年暮れに隣家に12万払うという話になっていて、今までそのようにしてきたそうです。
私が義両親の財産も管理している今、疑問が多く出ています。
義父の給料明細が今まで貰った事がなく毎月18万ちょうどが銀行の封筒に入ってもらってきている事。
年末調整のための用紙の記載を（緑の文字の紙に名前と印鑑を押すやつです）した事がない事。
当然、源泉徴収票ももらっていなく、還付金も一度もない事。
これでは義父が自営業者として確定申告をする必要があったのではないか？所得税を全く払ってないのではないか？という疑問が出ました。
住民税は滞納になっていて、200万近いお金を最近支払ってきたばかりです。（義両親は貯蓄がないので旦那の貯蓄から支払いました）住民税の金額が出ているという事は所得額の申告はされているようで、所得証明を取った所、実際の所得と大差なく申告されていました。
その後、税務署に連絡し、この場合義父が所得税を納めているか調べる事はできるか聞いたところ、会社は「何人分でいくら」という形で所得税を納めているので、その中に義父が含まれているかどうかは、会社に監査のような形で入らないと無理、と言われました。
アルバイトになるまでの義父の勤務体制が委託なのか社員なのか、バイトなのかも本人もわかっていません。当然、昇給の基準や賞与の基準、退職金支払いの基準なども締結していないようです。
なので、会社宛てに今までの労働契約書の移しがあれば欲しい（なければ教えてくれればいい）、今後の雇用形態が明記されている労働契約書も出してほしい、などのお願いを書いて手紙をだしました。
すると、数日して義父が「送った手紙の話はなかった事にしてほしい。でないと社長がへそ曲げたら今の土地が使用できなくなる」と言ってきました。（実際には借地権などもあるので、それはないと思いますが、義父は面倒な事を言われるのが辛いようです）
会社側は社会保険労務士を専属でつけているのでそこと話はしてるみたいなんだけど、これは無かった話にしてくれないか？と言うんです。
万一を考えると、過去7年をさかのぼって所得税を請求という事になれば義父にその器量はないし私達夫婦も死活問題になります。
義父を想って行動していますが、その当人が止めてほしいというなら止めて、世帯も分離して税金の支払い義務は本人に追ってもらうかも考えてますが、何か良い方法はないでしょうか？
よろしくお願いいたします。