バイオインフォマティクスコミュのバイオインフォマティクス学会　夏の学校のご案内

下記のとおり、日本バイオインフォマティクス学会では、毎年恒例と
なっております夏の学校を、豪華講師陣をお招きして企画しております。
ポスター発表等も可能となっておりますので、ふるってご参加ください。

日本バイオインフォマティクス学会幹事
渋谷哲朗

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バイオインフォマティクス夏の学校２００７　開催のお知らせ
　http://www.jsbi.org/modules/SIGs_WGs/index.php/summer_school/2007/school2007.html

この度、日本バイオインフォマティクス学会では下記要領で「バイオインフォマ
ティクス夏の学校」を開催します。 今年もポストゲノム時代のバイオインフォ
マティクスの様々な分野の第一線の講師を招きバイオインフォマティクスの今後
の方向性も含め多面的な議論ができればと思っています。
また，昨年に引き続き今年もポスターセッションを設けております。 ポスター
セッションで扱うテーマの範囲はバイオインフォマティクス全般とします。 双
方向の研究交流にお役立て下さい。ふるってご応募下さい。
皆様のご参加を心よりお待ち申し上げております。

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　　バイオインフォマティクス夏の学校
（主催）日本バイオインフォマティクス学会
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日時： 平成19年8月6日(月)〜8日(水)
場所：
きのこの森　桐生国際ホテル
〒376-005 群馬県桐生市平井町8番1号
TEL: 0277-22-0591 / FAX: 0277-22-0597
URL: http://www.kinokonomori.jp/
募集人数：　50名
参加費：　２００００円／１名
　２泊３日　
　　宿泊費と懇親会費(6日)、二朝食、および昼食（７日）を含んでいます。
　　二人一部屋です。
　　(注1)宿泊されない方は、一人当たり６０００円(懇親会費および昼食代)
　　　　　申し受けます。
　　(注2)オプションにて７日(火)の夕食を、
　　　　　希望者に２５００円にて用意致します。
　　(注3)お支払い方法に関しましては下記申込先までお問い合わせください。

参加資格： 日本バイオインフォマティクス学会会員
(正会員、学生会員及び賛助会員)
定員： ５０名
参加申込：
　ご参加希望の方は、以下の情報をお添えの上、
　次項の申込先までお申し込みください。
　　　・氏名
　　　・性別／年齢
　　　・所属
　　　・ポスター発表の申し込みの有無
　　　　　（発表を希望される場合はそのタイトルおよび概要）
　　　・7日(火)の夕食希望の有無
　　　・宿泊希望されない場合はその旨

申込先（夏の学校参加受付業務代行）：
　プリマツアーズ（株） バイオインフォマティクス夏の学校担当
　　畠山 信一
　　E-mail: hatakeyama@primatours.co.jp
　　東京都港区虎ノ門2-6-4虎ノ門11森ビル3階
　　TEL 03-3519-7881 / FAX 03-3519-7882

参加申込締切： 平成１９年７月１６日(月)
　　(先着順５０名に達し次第締め切らせていただきます。)

※宿泊部屋は基本的にツインになります。
2人（以上）のお申し込みで相部屋をご希望の場合にはご相談ください。
※東武鉄道・新桐生駅およびＪＲ桐生駅より会場まで、
シャトルバスでの送迎を予定しております。
※会場および客室では無線LANを使うことが可能です。

問い合わせ：
　進行、セミナー内容に関しては、
　　東京大学医科学研究所　渋谷哲朗　jimu@jsbi.org
宿泊に関しては、
　　プリマツアーズ　畠山信一　hatakeyama@primatours.co.jp

過去の夏の学校について（参考）
2006年度 http://www.jsbi.org/jsbi_new/summer_school/2006/news.html
2005年度 http://www.jsbi.org/jsbi_new/summer_school/news05.html
2004年度 http://www.jsbi.org/summer_school_2004/news.html
2003年度 http://www.jsbi.org/bioinfo2003/news.html


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スケジュール
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8月6日(月)
午後
12:00 受付開始
13:00 - 13:05 開会の挨拶、連絡事項
13:05 - 14:05 森下 真一 先生　（東京大学）
「脊椎動物のゲノム進化」
14:05 - 15:05 清水 謙多郎 先生（東京大学）
「タンパク質間相互作用予測」
--休憩(15分)--
15:20 - 16:20 有田 正規 先生　（東京大学）
「植物の二次代謝物と進化」
16:20 - 18:30 ポスターセッション
18:30 - 懇親会


8月7日(火)
午前
10:00 - 11:00 山口 類 先生　　（東京大学）
「生体パスウェイシミュレーションのデータ同化」
11:00 - 12:00 鹿島 久嗣 先生　（日本アイ・ビー・エム）
「生体ネットワーク予測の機械学習」
--昼食(75分)--
午後
13:15 - 14:15 山田 亮 先生　　（東京大学）
「連鎖不平衡係数の複数SNP用一般化について」
14:15 - 15:15 木下 聖子 先生　（創価大学）
「糖鎖インフォマティクスの概要」
--休憩(15分)--
15:30 - 16:30 木下 賢吾 先生　（東京大学）
「タンパク質の立体構造からの機能予測入門」
16:30 - 17:30 富井 健太郎 先生（産業技術総合研究所・東京大学）
「相同性検索技術の現状と課題」
18:00 - 夕食（オプション）


8月8日(水)

午前
10:00 - 11:00 長野 希美 先生　（産業技術総合研究所・早稲田大学）
「酵素の構造と機能　−バイオインフォマティクスにおける酵素学の動向につ
いて」
11:00 - 12:00 小池 麻子 先生　（日立中央研究所・東京大学）
「医学生物学分野におけるテキストマイニング」
12:00 閉会
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各講義の概要
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１．「脊椎動物のゲノム進化」
森下 真一（東京大学）

２００１年からはじまった脊椎動物ゲノムの解読により、過去７億年近くにわ
たって進化してきた脊椎動物の染色体構造の変化について深い理解が得られつ
つある。この解析に必要な比較ゲノムの手法を解説し、今までに分かってきた
ことを概観する。ゲノム進化を例題に、フォーマルなアルゴリズムだけでは解
答に到達しにくい苦労についても触れたい。また今後解読が計画されているゲ
ノムにより、どのような新しい結果が期待されているかについても紹介する。
なお、前半の話題は中谷洋一郎との共同研究である。

２．「タンパク質間相互作用予測」
清水 謙多郎（東京大学）

生命システムの解明には、原子レベルの詳細なタンパク質間相互作用の解析が重
要であるが、生化学実験や構造決定などの実験的手法は、一般に複雑な手順・高
額な装置・研究者の熟練等が必要であり、バイオインフォマティクスによるタン
パク質間相互作用予測に対する期待が高まっている。この講義では、タンパク質
-タンパク質の相互作用部位予測およびタンパク質-タンパク質のドッキングシ
ミュレーションについて、その基礎技術の概要と、研究動向および我々の研究室
で開発しているシステムについて簡単に紹介する。

３．「植物の二次代謝物と進化」
有田 正規（東京大学）

フラボノイドとは植物二次代謝産物のカテゴリーで、その数は５０００とも
６０００とも言われてきた。花の色素やお茶のカテキン、ワインのポリフェ
ノールといわれる成分は、大部分がフラボノイドに属している。フラボノイ
ドは植物に特有であり、その生合成経路も植物界で共通するため、植物界に
おける分布から各植物の特徴を割り出すことができる。今回、奈良先端大の
金谷研と共同で、構造が同定されているフラボノイドを全てデータベース化
した。総分子数は優に７０００を超え、規模と精度において世界トップであ
ることは間違いない。そのデータベースを用いて明らかになったイネ科やマ
メ科といった植物種の特徴や、フラボノイド全体における構造的特徴を紹介
する。

４．「生体パスウェイシミュレーションのデータ同化」
山口 類（東京大学）

ここでは、生体パスウェイシミュレーションモデルとマイクロアレイ実験等か
ら得られる遺伝子発現データのデータ同化について紹介する。データ同化とは、
元来、海洋学や気象学等の地球物理学分野で使われてきた用語で、コンピュー
タシミュレーションと観測データを融合し、よりよく現実を表現しようとする
ことを意図している。それにより、予測能力の向上や、シミュレーションとデー
タ、それぞれ単独では抽出できない情報の抽出が期待される。生命科学では、
代謝やシグナル伝達等の生体内での物質や情報の流れは、生体パスウェイと称
される。それは複雑で多岐に渡る生体現象をシステムとして理解する上で欠か
せない概念であり、各種多様な系のパスウェイのモデル化が進められている。
各モデルは、膨大な実験結果、文献情報からの知見に基づき構築される。結果
として得られるモデルはネットワーク図として表現されることが多いが、ネッ
トワーク図を基に微分方程式やPetri net等を用いて、計算機により遺伝子転写
産物等の時間変化をシミュレート可能なモデルも作成されている。我々は、近
年、そのような生体パスウェイのシミュレーションモデルと、遺伝子発現時系
列データのデータ同化の研究を行っており、当日は、その内容と今後の発展性
についてお話しする。


５．「生体ネットワーク予測の機械学習」
鹿島 久嗣（日本アイ・ビー・エム（株））

本公演では、与えられた各種実験データから、タンパク質の相互作用ネットワー
クなどのネットワーク構造を予測する問題への、種々の機械学習的アプローチを
概観します。
ネットワーク構造の予測問題は、部分的に分かっているネットワーク構造から
ネットワーク全体を予測するような状況や、発現データなどを頼りに、まったく
ネットワーク構造が分かっていない状態からネットワークを予測しなければなら
ない状況などいくつかの場合が考えられます。
また、予測に用いる情報も、配列情報や発現情報などの個々の遺伝子やタンパク
質のもつ情報や、ネットワークの構造そのもののもつ情報など様々な情報を用い
ることができます。
機械学習的アプローチによるこの問題への取り組みは、近年盛んに行われていま
す。
そこで、ネットワーク構造予測の問題を、問題設定や用いる情報などによって分
類し、それぞれに対して、各手法がどのように適用されているかを解説します。

６．「連鎖不平衡係数の複数SNP用一般化について」
山田 亮（東京大学）

連鎖不平衡解析(LDマッピング)とそのマーカーとしてのSNPが大きな役割を果た
している。現行のLDマッピングにおいては、ペアワイズSNPLD定量とそれに基づ
く連鎖不平衡ブロックの定義が主流となっている。しかしながら、連鎖不平衡
をペアワイズ比較に限定することによる情報の喪失が存在しており、それを捕
捉する手法はLDマッピングに新規情報をもたらすものと考えられる。本講では、
その１例を提示する。


７．「糖鎖インフォマティクスの概要」
木下 聖子（創価大学）

バイオインフォマティクスの分野において、DNAやタンパク質配列・構造の
解析が主流であり、これらを行うための様々なアルゴリズム、プログラム、
ウェブリソース等が多く開発されている。しかし、近年、これらの物質の
解析だけでは生命の働きを理解することが困難であることが分かってきた。
それで、タンパク質構造によく結合している「糖鎖」に注目が集まってきた。
PDBのタンパク質構造データベースに含まれている半分以上の構造には糖鎖
が結合していることが知られている。さらに、糖鎖構造の変異によって癌や
CDG（Congenital Disorders of Glycosylation)と呼ばれる様々な疾患が発
生することも分かってきた。従って、糖鎖のデータもこの数年間で蓄積され
るようになった。それに伴って、糖鎖構造の解析のためのアルゴリズム、モ
デル、プログラムやウェブリソースも開発されてきた。これらの技術の説明
を兼ねて「糖鎖インフォマティクス」と呼ばれる新しい分野を紹介する。


８．「タンパク質の立体構造からの機能予測入門」
木下 賢吾（東京大学）

生体内で実際の働き手であるタンパク質の機能を知ることは、分子レベ
ルで生物を理解する上で欠かせないステップである。タンパク質の機能
はその立体構造と密接に関わっている。従来は構造を解析することが大
変だったので機能がよく分かっているタンパク質が優先的に構造解析さ
れていたが、最近は構造ゲノム科学の進展により、機能未知でも構造上
を利用できるタンパク質が増えてきた。そこで、立体構造からの機能予
測が今求められている。この講義では、立体構造情報を利用したタンパ
ク質の機能予測法の入門編として、立体構造と機能の関係及び昨今提案
されているいくつかの方法を紹介する。


９．「相同性検索技術の現状と課題」
富井 健太郎（産業技術総合研究所・東京大学）

ゲノム解読の劇的な進展が、核酸やアミノ酸配列の大量データの蓄積をも
たらした。こうした状況は、計算機を利用したタンパク質の機能や構造の
推定を喫緊の課題にすると同時に、実は恩恵をももたらしている。相同性、
つまり共通祖先から派生したか否かの解析の重要性は、時代は変化しても、
変わらない(ように思う)。ここでは、近年研究が盛んに行なわれているプ
ロファイル比較法を中心として、相同性検索技術の発展の歴史や現状、ま
たその立体構造予測への応用や、更なる発展の方向などについて講演する。


１０．「酵素の構造と機能　−バイオインフォマティクスにおける酵素学の動向
について」
長野 希美（産業技術総合研究所・早稲田大学）
酵素の立体構造、リガンドの化学構造、酵素とリガンドの相互作用など様々な角
度から酵素の触媒機構を詳細に理解することで、酵素に特有な阻害剤・活性化剤
などをデザインすることが可能になると考えられる。また、近年、酵素を含む蛋
白質の立体構造はX線結晶解析やNMRなどの手法により、膨大な数が解かれ、現
在、２万弱の酵素の立体構造エントリがProtein Data Bank（PDB）に登録されて
いる。
それにも関わらず、従来の酵素の分類である酵素番号（Enzyme Commission;
E.C.）は、主に基質・産物の化学構造や触媒反応に関わる補酵素などに基づいて
分類が行われており、触媒機構において重要であるタンパク質の配列情報や立体
構造に関する情報が殆ど考慮されていない。
こうした酵素分類の問題点などに触れると同時に、酵素関連のデータベースにつ
いて紹介する。


１１．「医学生物学分野におけるテキストマイニング」
小池 麻子（日立中央研究所・東京大学）
近年の医学生物学分野の急速な発展により、医学生物学文献は指数関数的に増加
しつつある。このような状況下において、文献中に記述されている知見の組み合
わせによる仮説生成/潜在的知識発見、及び、文献情報を利用した大規模実験法
による大量データの自動解釈への期待が高まりつつある。情報検索・情報抽出・
テキストマイニング技術を用いた上記課題への最近の研究動向と展望について紹
介する。

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