?I thought she was cute.
(会った過去の時点で私は)彼女の事をカワイイと思ったよ。
?I think she is cute.
(今の時点で私は)彼女の事をカワイイと思うよ。
というのが正しい文章ですね。
?の場合、thoughtですから「過去にそう思った」という過去形ですよね。過去に「可愛い」と感じたのは、そう思ったときの過去の同じ時点で存在していた「彼女」ですよね。だから過去になります。
多分、こないだ会った時の事を話していて、
「What did you think of her?(そういえば彼女の事どう思った?)」と過去形で聞かれた場合、I thought she was cute.と言うでしょう。
また、?の場合は、こないだ会った時事を話していて、
「so, what do you think of her?(どうよ、彼女の事どう思う?)」と現在形で聞かれた場合は、"I think she is cute."と言うでしょう。
別にI thought she was cute.って過去形で言っても、今もカワイイと思っている場合もあります。でも過去形で答えた場合、その次に今どう思っているのか言うと思います。