多分一応の要件を満たした一番簡単な案は…

■日本橋またぐ首都高、地下化へ　国交相方針
(朝日新聞デジタル - 07月21日 17:29)
http://news.mixi.jp/view_news.pl?media_id=168&from=diary&id=4679489

日本橋の上を高架でまたぐのを解消する、一番安上がりな方法は、多分「都心環状線汐留JCT-江戸橋JCT間」を見習って、「川の水を抜いて、水面だった所を高速道路にする」なのだと思います。

…今の時代、たぶん許されないでしょうね。

そうすると、アップダウンの関係で日本橋付近だけ地下化というわけにも行かないでしょうから、
少なくとも「神田橋JCTから箱崎JCTまで」辺りを、
老朽化に伴う再建築にあわせて川の下に地下化する、とかになるのでしょうか。

あっ。
「神田橋JCTから江戸橋JCTまで」の区間だけ廃止するのが一番安上がりですね！
神田橋JCTは竹橋方面と八重洲線の接続のみ、
江戸橋JCTは上野方面、箱崎方面と汐留方面の接続とし、
西銀座JCTに八重洲線から京橋JCT方面（その逆も）へ行ける連絡道を作れば、
都心環状線のリングは切れません！
（八重洲線とKK線の交通量が相当増えそうですが）

これなら数千億円もかからないのではないでしょうか。