タンパク質模型

現在でこそゴム会社で働いていますが、学生時代の専門分野はあくまで「タンパク質」です。しかし僕が持っている模型はタンパク質は作れません。

僕は分子模型を持ってはいますが、これでタンパク質を作るとなると非常に大きいサイズになってしまいます。手間も場所も時間もかかってしまうのです。

なのですでに完成しているタンパク質模型を買いました！ついに自分の専門（だった）模型が手に入ったのです！

…

今回、僕が買ったグッズは「SilMol-mini 6アイテムセット」というものです。タイプはAとBがあり、それぞれ6つずつあります。もちろん僕は両方とも買いましたよ！




石膏でできているため、衝撃はもちろん、水にもあまり強くありません。壊れないように慎重にあつかっていきます。これはなんと3Dプリンターで出力されたものらしく、タンパク質の情報さえ入力すればいろいろ作れそうです。早くタイプCとか出ないかな！？出たら買います。

タンパク質のデータベースというものがO大学にあり、PDBjといいます。そこには構造が特定された様々なタンパク質の情報を見ることができます。データベース内には個々のタンパク質データにPDBエントリーという一種のIDが存在します。背景が灰色のCGがPDBjのものです。

SilMol-miniでもそのエントリーが書かれています。どういうタンパク質があるのか、見ていってください！

…

まずはタイプAから。




ロドプシンです。PDBエントリーは1u19。網膜で光センサーの役割をします。このタンパク質に光が当たることで視覚情報が得られます。これは光が当たっていない基底状態というもの。ウシです（動物が）。




ロドプシンです。ってまた！？これは光を吸収して活性化状態になったものです。PDBエントリーは3pqr。Gたんぱく質という別のタンパク質に結合して情報を送ります。ウシです。




ミオグロビンです。PDBエントリーは1mbn。筋肉内に多く、赤色をしているのはこのタンパク質が主因です。酸素を貯蔵して必要時に放出する性質をもちます。このタンパク質は構造が人類史上初めて解明したタンパク質です。マッコウクジラです。




TATAボックス結合タンパク質です。PDBエントリーは1ais。DNAが結合しています。DNAにはTとAが繰り返すTATAボックスが存在し、そこからタンパク質を作るための遺伝子領域を読み込んでいます。超好熱古細菌です。




リゾチームです。PDBエントリーは1hew。細菌の糖でできた細胞壁を分解するタンパク質です。異物である細菌をまるで溶かすように壊すことから名づけられました。ニワトリ卵白です。




A2aアデノシン受容体タンパク質とそれに結合する抗体です。PDBエントリーは3vg9。アデノシンという物質に結合して反応するのですが、なんでそれに異物認識の抗体がついているんでしょうねえ？僕にもわかりません。A2aはヒト、抗体はハツカネズミです。

…

次はタイプBです。




セリンスレオニンチェックポイント1キナーゼです。PDBエントリーは2cgu。セリン、スレオニンは両方ともアミノ酸の一種で、それが入っているタンパク質にリン酸という印をつけます。ヒトです。




RNA切断酵素リボヌクレアーゼAとその阻害タンパク質です。PDBエントリーは1dfj。DNAによく似たものがRNAですが、それをリボヌクレアーゼは壊します。RNAの分解を調節する阻害タンパク質も存在するのです。ウシです。




閉じた状態のカリウムイオンチャネルです。PDBエントリーは1bl8。チャネルは細胞の膜にあるタンパク質で、特定の物質を必要に応じて通します。これはカリウムイオンを通すのです。放線菌です。




ヘモグロビンです。PDBエントリーは2hhb。これは知っている人も多いのではないでしょうか。血液中で酸素を運ぶタンパク質です。同じタンパク質4つで出来ています。これは酸素が結合していません。ヒトです。




アドレナリン受容体タンパク質です。PDBエントリーは2rh1。細胞の膜に結合してアドレナリンとくっつくのを待ちます。これはくっついてない不活性状態。活性状態が無いんですけど…。ウシです。




ベロ毒素複合体です。PDBエントリーは2ga4。細胞の中に入り込んで、タンパク質を作り出すリボソームを壊して細胞を殺し、出血性の下痢を起こします。大腸菌O157です。

…

組み立て模型でもないですし壊れやすそうですけど、ようやく僕はかつての専門模型を手に入れることができました。これからも大切に扱っていきます！