独断でやったのが問題ですね。

■バスに間に合わない…2分早く退勤し続けた市職員に13万7千円の返金請求は妥当？同情の声も
(AERA dot. - 03月11日 18:05)
https://news.mixi.jp/view_news.pl?media_id=173&from=diary&id=6442308

30分待たなくてはならないのは個人の都合ですし、勤務時間は時間までいなくてはならない。
最後の2分間に何か問題が起こることもありますからね。

ただし、特別な事情があり何とかしたければ市と協議するのが正しい判断ですね。
勝手にやってはダメです。

労働契約を無視するな。

しかも、作為的に隠蔽工作もしていて悪質極まりない。公務に携わる地位にありながら不誠実です。
不正に勤務時間を捏造して金銭をせしめるは犯罪行為ですよ。

刑罰法規や労働法、とにかく違反と違法が2つとも重なっていて何れにせよアウトです。

例えば、日給が7999円で8000円にしたいからと社員が会社の金庫から1円盗んで、帳簿には差異がないように記帳してもたったの1円だからいいって話しにはなりませんからね。
無論、1回やろうが1万回やろうが同じ意味です。