- 詳細 2023年11月19日 13:00更新
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西暦2977年（本作の連載開始年は1977年で、その1000年後という設定）、退廃し堕落した人類の住む地球に、宇宙から材質不明の謎の巨大物体が落下してきた。その物体は黒色で球形をしており、表面にはマヤ文明の象形文字風の意匠が円形に刻まれていた。地球政府はそれを無視するが、それは「マゾーン」という宇宙からの侵略者が打ち込んだ、惑星の所有を誇示する「ペナント」であり、その危険を警告しようとした台羽博士や親友であるクスコ教授は侵入していたマゾーン達によって殺される（教授は文字を解読し国会の委員会で証言さえした）。辛うじて生き延びた台羽博士の息子・正は、マゾーンに何ら手を打とうとしない地球政府に見切りをつけ、宇宙海賊として知られていたキャプテン・ハーロックの宇宙戦艦アルカディア号に乗り込む。台羽正という新たな仲間を加え、ハーロック及び40人の海賊とアルカディア号による、謎の侵略者マゾーン達との戦いが始まった。
この作品は新書版単行本にして5巻続き、マゾーンとの闘いに決着がつかないまま「第一部完」として未完の状態であり、詳しく語られなかった設定も多い。中でも重要なのは、名前しか出ていない親友トチローの存在だろう。
二人の出会いについてはマンガ・アニメ等で設定が分かれているので確定は出来ないが、先祖から何らかの因縁があったらしいことは共通している。いずれにせよ、トチローは技術者としては超一流で、アルカディア号の設計と建造に携わったほか、滅亡した文明の宇宙船とされるクイーン・エメラルダス号の修理にも携わっている。
そしてその後、トチローは死んで（死因は「宇宙病」とされている）アルカディア号の中央大コンピュータに宿る魂となり（アニメ版「ハーロック」では脳細胞と魂を残したということになっている）、ハーロックと共に宇宙を旅することになる。墓は本編に描いてある通り、惑星ヘビーメルダーにある（『銀河鉄道999』劇場版1作目では、彼の死を看取ったのは星野鉄郎となっている）。アニメ版「ハーロック」では仮の墓が地球にあり、ハーロックは第1話で忘れ形見のまゆと共に訪れている。
他にもエメラルダスやメーテルとの関係など、これを読んだだけでははっきりしない設定が多い
