鹿児島ルートの新八代〜鹿児島中央間は、2004年3月13日に開業。2010年度末に予定されている博多〜新八代間の開業によって鹿児島ルートが全線開業すれば、博多から東海道・山陽新幹線につながり東京〜鹿児島中央間が新幹線で結ばれることになる。なお、全線開通時の東海道・山陽新幹線との相互乗り入れについては、いくつかの課題があり、現在JR九州とJR東海・JR西日本との間で交渉中である。
開業後、新幹線が地下を走る鹿児島市武岡地区等では、予想外の振動や騒音が発生し、問題になった。これに対処するため、JR九州では当面の減速運転や薩摩田上トンネル内の路盤改良などの工事に着手しており、問題は沈静化しつつある。
九州新幹線で運行されるつばめ号の始発駅と終着駅で流される車内自動アナウンスは、新幹線初の四ヶ国語放送(日本語→英語→朝鮮語→中国語の順に放送)となっている。