ATGC(塩基)コミュのScore (bits)　と　E-value　（NCBIのBlastの結果）

初めまして。皆さんに質問があります。ブラストをすると、スコアとE-Valueが出ますよね？あれはどうやって参考にすればいいんでしょうか？そもそも何をあらわしているのでしょうか？私は、エンジニアで、最近研究の関係で遺伝学を始めました。人に”スコアとE-valueって何ですか？”と、聞かれると返答に困っています。皆さんだったら、この質問になんて答えますか？？？

コメント(3)

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[1] mixiユーザー 03月06日 16:12

DDBJの利用法という本もしくはWebラーニングというホームページ（すいません最近利用してないのでアドレスは・・・検索で一発です。）で詳しく説明されているので確認してみてください。E-Valueはわかりませんが、スコアについては塩基配列が一致すれば何点、一致しなければ何点という風に、点数付けしたものです。プログラム上の話なので直接解析には関係ないですよ。（笑）あまり知らないほうが解析結果に自信がもてるかも。

[2] mixiユーザー 03月07日 10:27

イシカワさん、お返事どうもありがとうございました。さっそくサーチをかけてみます。いつも、ブラストをするたびに、いちを上から５番目くらいを”重要”と勝手に解釈して、その後の実験につなげるので、一度、ちゃんと勉強しなきゃ。と思っていました。参考にさせて頂きます！

[3] mixiユーザー 03月07日 12:58

アドレスわかりました。以下のものです。
http://weblearningplaza.jst.go.jp/
また、スコア計算に関する記述がDDBJホームページ内にあります。わかりにくいですが。
相同性に関しては、塩基配列が一致した数(右端の数、まあこれは説明するまでもないか。)と、相同性のパーセンテージだけでいいとは思うけどね。
僕がいい加減なだけなのかな?
ちなみに、ブラストは部分部分で、配列の一致を点数化するシステムなので塩基配列が短いと精度が落ちます。まあ、詳しくはホームページ内で見たほうがわかりやすいと思うけど。
僕の説明は性格に比例していい加減だから。(許してー)

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