2001年、DJ OASISの1stアルバム『東京砂漠』収録曲「ハルマゲドン」で一時的に再結成、話題を呼ぶ。「地下から…」という曲と共にこの頃からZEEBRAから降谷建志への批判が始まった。同年にリーダーK DUB SHINEのミニアルバム『セイブ・ザ・チルドレン』収録曲「ザ・シャイニング(KG STILL SHINING REMIX)」でも一時再結成。ファンの間でもさらに再結成を望む声が高まった。
2002年、6年ぶりに再結成。シングル『UNSTOPPABLE』『F.F.B.』の2枚を同時リリース。オリコンチャート初登場5位(F.F.B.)、6位(UNSTOPPABLE)のダブルチャートインを果たした。しかし、『UNSTOPPABLE』収録曲「ドライブバイ」での歌詞に「ヤワなラップをする者」として比喩した言葉が、同性愛者を蔑視していると市民団体が抗議(実際は、KICK THE CAN CREW、嵐などのジャニーズに対しての比喩と本人達は発言している)。また、「F.F.B.」にもHIV患者への偏見があると抗議され、両シングルの発売停止に至る。その後に両シングルから問題となった「ドライブバイ」「F.F.B.」以外の楽曲を1枚に収録したシングル『UNSTOPPABLE』を再発売した。K DUB SHINEは「最終兵器」のイントロで発売停止になったことなどに対する抗議をしているフシがある。
同年9月11日、シングル「911(Remix)」「ジェネレーションネクスト」リリース。オリコンチャート初登場6位(911(Remix))、9位(ジェネレーションネクスト)。10月17日、アルバム『最終兵器』(オリコン初登場3位)、映像版「最終兵器」リリース。アルバム『最終兵器』の中ではDragon AshのKj(降谷建志)、KICK THE CAN CREW、RIP SLYMEを批判(DIS)する内容の曲である「公開処刑 feat. BOY-KEN」、歌詞を一部削除した「F.F.B. (Album Version)」などが収録されている。