OSは、Microsoft Windows XP Professional 32ビットで十分だとおもいますよ。
CPUを64ビットにしても対応するソフトが64ビットに対応してなければ意味がありませんからね。
でもRAIOゼロは、たとえHDDが7200rpm以下であっても一番体感できると思いますのでそこで予算をかけ優先すべきではないでしょうか?
ギガのこのマザーボードであればSATAでHDDをRAIO0で2台以上5台以下?は可能でしょうから(300G×3)でもいいかとおもいます。
ちなみに、ご存知かもしれませんがWindows XP Professional であればソフトRAIDゼロでもOKです。(この場合多少CPUを食います)
IO-dataのHDDは保存用にRAIDはマザーボードからでいいんじゃない?