MIXI民事法律相談コミュの会社間トラブル。自己都合退職と解雇、どちらが良いでしょうか。

現在育児休暇中で、東京在住。９月に育休終了予定の者です。（１才時、子供の保育園の入所が叶わなかったので育休延長しています。）
育休中に会社間トラブルに巻き込まれてしまい、現在その解決の為に公的機関の労働相談センターに仲介に入っていただいているのですが、話し合いがなかなか進まず、センターの方から「弁護士さんに一度相談したほうがいい」といわれております。

様々な問題が絡んでおり、また、つっこみどころ満載な内容ではあるのですが、今後、自分自身がどのような方向性で動いていくべきなのか悩んでいます。

＜これまでの出来事＞
・東京の会社（国民健康保険に加入）の調剤薬局に勤務しており、妊娠が分かり、産・育休をとりたいと申し出たところ、関西にある同じグループ会社（社会保険に加入）だと、産・育休中に優遇を受けれるからと言われ、一時的に関西の会社へ保険を移し、復職時にはまた東京に戻すということで、関西の会社に保険を移す。
（このとき転籍か、出向かの話は一切無し。文書でのやりとりも無し。ハローワークで調べた結果、雇用保険は「転勤」という理由で関西の会社へ移動している。保険移動後、給与明細は関西の会社から。厚生年金の支払いも関西から。勤務場所は同じ場所。）

・育休中、東京と関西の会社が喧嘩別れし（会社乗っ取り）、全くの別会社となる。
東京の会社は取締役含め、完全に新しい経営陣、関西の会社は東京の代表だった人が代表取締役となる。
本来ならこの時に私の保険関係も東京に戻すべきだったが、その手続きがされず、そのまま放置される。

・私用で会社に連絡をした際に、東京と関西が全くの別会社になったことを初めて知らされる。
元は東京の会社の人間だからということで、復職の際は東京に戻すという事で調整がされるが、東京の代表取締役が東京への受け入れ最終手続きの段階で、「なんで関西の人間を受け入れないといけないんだ」と拒否。
結果、無保険状態となる。　東京の社労士から現状説明の電話があり、公的機関に相談する事を勧められる。

・労働相談センター（公的機関）の仲介の元、東京、関西の会社と話しをしてもらったが、東京は私に会った事もないにも関わらず「いい加減な人だから受け入れられない」などの誹謗中傷をしはじめており、現実問題、東京への受け入れはかなり厳しい。
無保険状態を一日も早く解決する為に、とりあえず関西に戻れるように話を進めたほうが良いと言われ、結果、もめつつも（関西の会社からみて、たとえ私がもともと無関係の人間であるとはいえ、東京への受け入れが実際に行われていない以上、このままだと育休中の不当解雇となる点を指摘）関西の会社に保険関係、育児給付金などの手続きをしてもらう事となる。

・関西の会社からこれ以上もめるのは嫌だから、今後の事も含め文書化しましょうとの提案があり、それに同意。
会社側、私側、それぞれ文書化したい内容を労働センターに提出するが、お互いの意見が折り合わず。

＜私の要求＞
こういったトラブルとなってしまった経緯を文書化したい。
特に、産・育休中の優遇措置を受ける事を目的に、東京から一時的に関西に保険を移したが、復職の際には東京の会社に再び戻すという約束になっていたことを文書化して欲しい。
（東京の会社に対して和解金目当ての地位確認の労働審判も視野に入れており、また、失業給付を受け取る際の給付制限の解除がされやすくなるかなと思ったので。）

＜関西の会社の要求＞
東京から関西へ、双方の同意の元、転籍が行われた。
トラブルの内容を他言しない。他言した事により損害が発生した場合は私が損害を賠償する。
育休終了時には退職する事。そのための退職届をあらかじめ提出する事。


関西からの要求を丸呑みする事は到底出来ないと思ったので、私は要求を拒否。
関西側は復職の際は東京に戻す予定だったという文言を入れたくないようで、拒否。

現在、相談センターの方を通して、関西の会社としての最終的な回答をお願いしますと伝えており、これが最終判断なのであればその旨をきちんと文書でお願いしますと伝えています。
相談センターの方が関西の会社に電話をして、最終回答の催促を何度かしているのですが、「慎重に考えたいので」といわれて答えがもらえていない状態です。

育休は９月上旬に終了する事となっており、万が一、このまま回答が得られないまま育休終了となってしまった場合、私はどのような対応をしたら良いのかを迷っています。
日本労働弁護士団の相談窓口に電話したところ、「ほっとけば。関西で働けっていっても働けないないし、働く気もないでしょ。そのままだと会社は保険料を払わないといけなくなるから、解雇にすると思うよ。退職よりも解雇になったほうがいい気がするなぁ。」と言われました。

その時は、そんなものなのかなと思ったりもしたのですが、なんかもやもやして。
解雇となると、転職する際に不利になったりしないのかと思ったり。
幸い資格職なので転職は容易な方ではあるのですが、このまま何もせずに泣き寝入りというのも悔しいなと思ったりもします。

とりとめもない文章で申し訳ありませんが、自己都合退職と解雇どちらがいいのか。
また、今後どのような行動をとっていったら良いのか。アドバイスありましたらどうぞ宜しくお願い致します。

子育て中という事もあり、ずっとＰＣ前にいるわけにもいかず、なかなかお返事できないことも有るかと思います。
遅くなるかもしれませんが、返事はしますので、どうぞ宜しくお願い致します。