越前遠征が失敗に終わったことにより、畿内は一気に不安定化した。怒り心頭の信長だったが、北近江の浅井氏が敵に回ったことによって、京と岐阜の連絡が遮断されることを恐れ、南近江に重臣を配して、一旦岐阜へ引き上げる。

　信長の予想通り、五月には浅井の動きに触発された六角氏の残党が、旧領回復を目指して兵を挙げ、南近江へ攻めよせるが、あらかじめの備えがものを言い、六月四日、野洲川表の合戦で痛撃を与え、これを撃退することに成功した。

　六月十九日。浅井に属する有力国人・堀秀村が、織田方へ気脈を通じたことを契機とし、信長は二万超の大軍を率いて、北近江へ侵入。一挙に小谷城へと迫った。浅井は約八千の兵を集めて対抗。名にしおう堅城・小谷城落とし難しと見た信長は、速戦即決をあきらめ、その支城・横山城を囲んだ。浅井は大軍を相手に後詰をだせなかったが、横山城はよく奮戦し、持ちこたえる。

　やがて、信長の盟友・徳川家康が五千の兵を率いて来援。士気上がる織田方に対し、浅井方にも、越前・朝倉氏の援軍がその窮地を救うべく、到着しつつあった。