X Server 10.4を稼働しておりますが、外部からゲストアカウントのFTPでログインして、ファイルをアップロード、ダウンロードするのですが、WindowsのNextFTPなどで、ダウンロードするとPhotoshopファイルなどの末尾に.binというファイルがついて、白紙アイコンになってしまいます。
Mac OS X Serverでログインしてダウンロードする分には、問題なく、ファイルも開くことができました。
Mac OS X Server のFTPサービスでは、共有ポイントをまとめた特別な場所を用意しています。change root という機能です。
takarinさんがFTP共有した場所ではないところにFTP のルートと呼ばれる場所があり、そこにエイリアスが作成されます。このエイリアスは実体が削除されても残ります。そのため(本体のディレクトリを削除したあと)FTPアクセスされた場合、エイリアスが残っているというわけです。
なのでエイリアスを手動で消す必要があります。