計算化学コミュのLammpsのインプットファイルについて

最近、Lammpsを使い始めたのですが、インプットファイルの用意に難儀しております。
具体的には、多原子系で結合角、二面角を上手いこと定義できないかと悩んでいます。

これが水ならば、水分子を一つだけ作り、あとはそれをreplicateで複製すればいいのですが、原子が4つ以上になるとすべての結合角、二面角を定義しなければなりません。
原子数が少なければいいのですが、10原子以上になってくると、二面角などの定義を間違えてしまう可能性が生じてしまいます。

そこでGaussianやPDBファイルに記載された情報を使えないか、と思いました。
atomskというものを使うとPDBファイルをLammps用の座標に変換してくれますが、これはPDBファイルからXYZ座標だけを抜き出すだけのもので、結合角などは手入力しなければならないようです。

次に考えたのは、Gaussviewで構造を作成し、Z-matrix形式とXYZ座標系式で別々に保存し、両者をコピペとカットでつなぎ合わせることです。
これならば一応Lammps用のインプットを作れなくはないのですが、もっと簡単な方法をご存じの方がいらっしゃいましたら教えていただけませんでしょうか？

もっと一般的な表現を使えば、Lammpsをお使いの方は、インプットファイルの座標をどのように用意しているのでしょうか？

手持ちの分子描画ソフトウェアはGaussview、DS Visualizer、VMDです。
よろしくお願いします。