bolet「痛む,〜が痛い」という動詞は、痛がっている人を4格にして、痛いところが1格(主語)になる場合と、痛いところをv+6格に置く場合があります。
ですので、問題の文はBolí mě hlava.は前者、Bolí mě v krku.は後者になります。
Bolí mě v krku.を過去形「喉が痛かった」にするとBolelo mě v krku.になります。
1格に置かれた単語が文章には表れませんが動詞は3人称の中性、単数の扱いになっていますね。
Pršelo.「雨が降った」と同じように非人称文(ってチェコ文法で言うんでしたっけ?)だと考えればわかりやすいと思います。